Институт социально-экономических проблем (ИСЭП) был образован в Ленинграде в 1975 г. постановлением Президиума АН СССР 1047 от 14 ноября 1974 г. В результате реорганизации 1989-1990 гг. на базе двух отделов инсти­тута образованы Ленинградский (ныне Санкт-Петер­бург­ский) филиал Инсти­тута социологии РАН и Ленинградский (ныне Санкт-Петербургский) эконо­мико-математический институт РАН. В соответствии с постановлением Пре­зидиума РАН № 168 от 22 июня 1999 г., Институт социально-экономических проблем РАН переименован в Институт проблем региональной экономики РАН (ИПРЭ РАН).

Институт входит в состав Отделения общественных наук Российской академии наук, осуще­ствляющего научное, научно-методическое, научно-организационное руководство, а также ба­зовое бюджетное финансирова­ние.

Институт имеет свою специфику, которая заключается в комплекс­ном характере прово­димых им региональных исследований, охватывающих во взаимосвязи экономические, соци­альные и экологические проблемы. В этом смысле ИПРЭ РАН является уникальным, единст­венным в Отделении общест­венных наук РАН. Отличительная особенность института – ис­сле­дования на региональном уровне проблем, имеющих общегосударственное и мировое значение. Эта специализация позволяет институту занимать надлежащее место в системе научных учреждений Отделения обществен­ных наук РАН и целена­правленно, предметно устанавливать, укреплять, развивать с ними научные связи.

Главная задача ИПРЭ РАН – проведение фундаментальных исследова­ний в рамках четы­рех научных направлений:

• стратегия развития региональных социально-экономических сис­тем, применение но­вых форм и методов территориальной организации обще­ства и хозяйства;
• социально-экономические проблемы преобразования научной и ин­новационной дея­тель­ности в регионе;
• социально-экономические проблемы преобразования и регулиро­ва­ния региональ­ной среды обитания и создание системы экологи­че­ской безопасности населения;
• региональные проблемы сферы труда, социального развития и соци­альной защиты насе­ления.

На региональной проблематике в ИПРЭ РАН специализируются три лаборатории и Центр региональных проблем экономики качества: 

• лаборатория комплексного исследования пространственного развития регионов;
• лаборатория теории и методов развития региональной экономики;
• лаборатория проблем развития человеческого потенциала и воспроизводства трудовых ресурсов региона;

Исследования в Институте ведутся по Программе фундаментальных и прикладных исследо­ваний на 2009-2018 гг. «Разработка теории и методо­логии инновационного социально ориенти­рованного развития региональ­ной эконо­мики». Реализация мероприятий программы позволит усилить влияние резуль­татов фундаментальных исследований на социально-эконо­мические и эколо­гические преобразования в регионе (на примере Северо-Запада).